El Deportivo Alavés «C» fue el segundo conjunto filial del club entre los años 2000 y 2005. Disputó todas las temporadas en Tercera División, aunque desde su fundación en 1980 había estado vinculado al fútbol base del club babazorro. Las anotaciones del equipo canalero fueron obra de Blas Pérez (min. 53) y Román Torres (min. Costa Rica no pareció estar en condiciones de medirse de igual a igual al combinado balcánico, en el que destacó el joven Sergej Milinkovic-Savic, de veintitrés años y nacido en España, equipacion juventus organizador de todo el juego serbio.
