La selección finalizó en el segundo lugar de la fase final de las clasificatorias. Mientras tanto en el Apertura 2012 la «U» terminó en el primer lugar de la tabla general por tercer torneo consecutivo logrando 40 puntos, sacándole cinco a los sublíderes O’Higgins y Deportes Iquique. En los Cuartos de final del Apertura vencieron por 2-0 y 2-1 a Cobreloa ganando 4-1 en el global. El 14 de junio, la «U» enfrentó el partido de ida de las semifinales de la Copa Libertadores ante Boca Juniors en condición de visita en el mítico Estadio La Bombonera, el conjunto chileno sufrió una derrota por 2-0 ante los xeneizes, condicionando su opción de llegar a su primera final en la historia de la Copa Libertadores.
